בתקופה החשמונאית התגבשו בחברה היהודית שלש כיתות - הפרושים, הצדוקים והאיסיים. חוקרים רבים מזהים את האיסיים עם כת מדבר יהודה. האיסיים פרשו משאר העם על רקע התנגדותם למינויו של יונתן החשמונאי לכהן גדול. הם חיו בקומראן שבמדבר יהודה אך גם בקהילות מחוץ לקומראן. האיסיים עסקו בעיקר בחקלאות ובמלאכה וסדר יומם היה קפדני. במיוחד הקפידו על טבילות לצורך היטהרות.